黄瓜烂瓜多是由于浸染性病害引起的，目前已知引起烂瓜的病害主要有灰霉病、花腐病、红腐病、炭疽病、黑星病、疫病、菌核病、角斑病、缘枯病和软腐病等。
灰霉病病菌主要是从花器浸入的，因而发病较早，主要是引起瓜纽腐烂。感染灰霉病的瓜纽一般为水烂，后期在腐烂部分密生出灰白色的毛霉。烂花或烂瓜的腐败液滴落到叶片上后，会以此为中心形成20～50毫米的大病斑。
在花和幼瓜上发生水浸状湿腐，病花变褐腐败。病菌从花蒂侵入幼瓜后，向瓜上部扩展，致使瓜的外部逐渐变褐，表面可见到白色茸毛状物在瓜毛之间蔓延，有时还可见到黑色头状物。高温高湿条件下病情发展迅速，干燥时半个果实变褐，失去食用价值。
果面出现圆形或不规则形病斑，呈淡褐色，边缘不明显，上初生白色，后变为橙红色的霉层，病斑下果肉发苦，不堪食用。贮藏时会出现瓜条软腐。
初侵病斑为浅绿色凹陷斑，病斑上有黑色小点，后期病斑上出现粉红色粘稠状物，干燥时病斑逐渐干裂，露出果肉。多在大瓜上发生。
黑星病侵染瓜条时，初为近圆形暗绿色斑，分泌乳白色胶粒，逐渐变为琥珀色，干硬后易脱落。病斑直径3毫米左右，当病斑中间呈疮痂状开裂并凹陷时，病斑停止发展。患黑星病的病瓜从病斑处弯曲，潮湿时病部产生黑色霉层。
黑星病侵染瓜条与炭疽病不易区别，炭疽病的病斑稍长并互相连接，没有孔洞，剖开果肉呈湿浸状，潮湿时表面产生粉褐色粘稠状物。
多从瓜蒂部开始发病，病部皱缩呈暗绿色软腐，表面长有稀疏的白色霉状物（这是与灰霉病区别之一），病果迅速腐烂，并散出腥臭味。
先在残花部发病，后引起果实发病，病果呈水浸状腐烂，长出白色菌丝，以后在菌丝上长出黑色鼠粪状菌核。
病斑味水浸状，近圆形，后变为淡灰色，病斑中部常产生裂纹。潮湿时病斑可能会产生菌脓，病斑可向瓜条的内部发展，沿维管束的果肉变色，一直延伸到种子。染病的瓜条后期腐烂，有臭味。幼瓜被害后，常腐烂，并早期脱落。
先在果柄上形成水浸状病斑，后变褐色，果实黄化凋萎，脱水后呈木乃伊状，湿度大时病部溢出菌脓。
主要发生在采收运送过程中，在瓜上产生褪绿的圆斑，后逐渐凹陷，发软，病部扩大，内部软腐，表皮破裂崩溃，从内向外淌水，整个果实腐败分解，散发出臭味。
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